原告Ｘは，「生理活性物質測定法」という名称を持つ発明について特許権を有していました。その特許請求の範囲には，「・・・・・・を定量することを特徴とする・・・・・・測定法」とあり，これは発明の名称と対応していて，測定方法の発明です。被告Ｙは，本件訴訟の対象となった製剤を製造・販売していました。そこで原告Ｘは，Ｙがこの製剤を製造するにあたって本件発明を無断で実施している，と主張して，その製造・販売の差止等を求めて，大阪地方裁判所へ提訴しました。
　この訴訟において被告Ｙは，自己の製造方法が営業秘密であることを理由として，その開示を拒みました。そこで裁判所は厚生省に対して，被告Ｙが当該薬剤の製造承認を求めた際に提出した承認申請書を開示するよう，民事訴訟法に従い，調査嘱託をしましたが，厚生省は「職務上知ることのできた秘密」であるとして，この調査嘱託に応じませんでした。
　そこで大阪地方裁判所は，被告の製造方法が如何なる方法であるかについては原告Ｘに主張・立証責任があるところ，かかる方法が原告Ｘにより立証されてはいない，として原告の請求を棄却しました。この判断の基礎には，本件の製剤を製造する際に用いる測定法については，本件特許発明の他にも存するから，必ずしも本件特許発明の方法を用いたとは推認できない，との考慮がありました。
　原告Ｘは，大阪高等裁判所に控訴しました。同裁判所は，控訴人（原告Ｘ）の請求を認め，本件薬剤の製造・販売をしてはならない，との判決を下しました。そこにおいては，本件特許方法以外の測定方法が存在することを認めるに足る証拠がないから，被控訴人（被告Ｙ）の使用した方法も本件特許発明の方法であると推定したのです。そして大阪高等裁判所は被控訴人Ｙに対して，次のように述べて，本件特許発明の測定方法を用いて製造した製剤の製造・販売の差止を命じました。
　「本件特許方法は，概念的にはいわゆる方法の発明として区分し得るものではあるが，・・・・・・本件特許方法は被控訴人医薬品の製造工程に必然的に組み込まれ，他の製造作業と不即不離の関係で用いられていると考えられることから，本件の場合は，『方法の使用』即『物の生産』という関係が成立しているものとみることができる。してみると本件特許方法は，その実質に即して，『物を生産する方法の発明』と同じく，本件特許方法を用いて製造された物の販売にまで，侵害停止を認める効力を有するものと解するのが相当である。そしてこれに付随して，控訴人は，本件特許方法を用いて生産された物の廃棄を求め得るというべきである。」
　これに対して，被控訴人Ｙは最高裁判所に上告しました。最高裁判所は平成１１年７月６日判決を下し，本件発明が物の生産方法の発明と同視できる，とした大阪高等裁判所の判断を覆し，原判決を破棄して被上告人（原告Ｘ）の請求を棄却しました。

　方法の発明と物を生産する方法の発明とは，明文上判然と区別され，与えられる特許権の効力も明確に異なっているのであるから，方法の発明と物を生産する方法の発明とを同視することはできないし，方法の発明に関する特許権に物を生産する発明に関する特許権と同様の効力を認めることもできない。そして，当該発明がいずれの発明に該当するかは，まず，願書に添付した明細書の特許請求の範囲の記載に基づいて判定すべきものである。
　これを本件について見るに，本件明細書の特許請求の範囲第１項には，・・・・・・の測定法が記載されているのであるから，本件発明が物を生産する方法の発明ではなく，方法の発明であることは明らかである。本件方法が上告人（被告Ｙ）の製造工程に組み込まれているとしても，本件発明を物の生産方法の発明ということはできないし，本件特許権に物を生産する方法の発明と同様の効力を認める根拠も見いだし難い。
　本件方法は本件特許発明の技術的範囲に属するのであるから，上告人（被告Ｙ）が上告人医薬品の製造工程において本件方法を使用することは，本件特許権を侵害する行為に当たる。したがって，被上告人（原告Ｘ）は，上告人（被告Ｙ）に対し，特許法１００条１項により，本件方法の使用の差止めを請求することができる。しかし本件発明は物を生産する方法の発明ではないから，上告人（被告Ｙ）が，上告人医薬品の製造工程において本件方法を使用して品質規格の検定のための確認試験をしているとしても，その製造及びその後の販売を，本件特許権を侵害する行為に当たるということはできない。したがって，被上告人（原告Ｘ）が，上告人（被告Ｙ）に対し，上告人医薬品の製造等の差止めを求める請求は全て認容することができないものである。

　特許法第２条第３項第２号，第３号を比較すると容易に知れるように，特許発明が「方法の発明」である場合には，その方法を使用する行為のみが実施であり，「物を生産する方法」の発明である場合には，その方法を使用する行為のほか，その方法により生産した物を使用し，譲渡し，貸し渡し，若しくは輸入し，またはその譲渡若しくは貨渡しの申し出をする行為全てが特許発明の実施に当たります。したがつて，単なる方法の発明よりは物を生産する方法の発明の方が，特許権の効力が遙かに大きいのです。よってこの両者を混同して考えることはできません。原審の大阪高等裁判所はこれを「実質的に考えて」混同してしまったものであり，最高裁判所において原判決が破棄されたのは仕方がないものと言えます。
　ただこの事件は，第一審の大阪地方裁判所に提起されたのが平成４年であり，最高裁判所の判決が出て最終的に本件訴訟が終わったのが平成１１年であって，長期裁判となりました。しかも結論が一転，二転しており，原被告双方とも負担が重い事件でした。なお，厚生省が裁判所の調査嘱託に応じなかった点は，納得がいきません。民事事件では，原被告とも強制調査権限がありませんから，このような拒否に逢うと，当事者としては証拠の収集が非常に困難です。ただ現在は，民事訴訟法が改正され，従来特許法で定めていた「損害の計算」のための文書以外に，侵害の有無を確認するための文書の提出命令も得られるようになったので，この不都合は大分減少しました。ただこの場合も，問題の文書にノウハウが記載されている場合には，提出を拒否されかねないので，いまだ十分な法制度にはなっていません。