Ｘ（原告・控訴人・被上告人）は、生体高分子構造の探索方法に関する特許権を有し（以下「本件特許権」とし、これに係る特許発明を「本件特許発明」とする。）、本件特許権のすべての範囲についてＡに専用実施権を設定している。
　そして、Ｙ（被告・被控訴人・上告人）が記録媒体に収録して輸入・販売するプログラムに使用されている方法が本件特許発明の技術的範囲に属し、前記記録媒体が「その〔方法の〕発明の実施にのみ使用する物」（平成１４年改正前の特許法１０１条２号）に該当すると主張し、Ｙを相手方として、Ｘは本件特許権侵害を理由に、また、Ａは専用実施権侵害を理由に前記記録媒体の販売差止を求める本件訴えを提起した。
　第一審は、特許法６８条・７７条２項を根拠に、「特許権に専用実施権が設定されている場合には、設定行為により専用実施権者がその特許発明の実施をする権利を専有する範囲については、差止請求権を行使することができるのは専用実施権者に限られ、特許権者は差止請求権を行使することができない」と述べ、さらに、「特許法の規定する差止請求権（同法１００条）は、特許発明を独占的に実施する権利を全うさせるために認められたものというべきであって、第三者の請求する特許無効審判の相手方となり、無効審決に対して取消訴訟を提起するなどの特許権の保存行為とは異なり、特許権者といえども、特許発明の実施権を有しない者がその行使をすることはできず、また、行使を認めるべき実益も存しないからである」との理由を述べた。
　そして、すべての範囲に専用実施権が設定されている本件特許権につき、差止請求権を行使できるのは、専用実施権者Ａに限られるとして、特許権者Ｘの請求を棄却した。
　また、Ａの請求についても、Ｙプログラム使用の方法が本件特許発明の技術的範囲に属するものではないとして棄却した。
　これを不服としてＸ、Ａが控訴したところ、原審は「専用実施権を設定した特許権者といえども、その実施料を専用実施権者の売上げを基準として得ている場合には、自ら侵害行為を排除して、専用実施権者の売上げの減少に伴う実施料の減少を防ぐ必要があることは明らかである。
　特許権者が専用実施権設定契約により侵害行為を排除すべき義務を負っている場合に、特許権者に上記権利の行使をする必要が生じることは当然である。特許権者がそのような義務を負わない場合でも、専用実施権設定契約が特許権存続期間中に何らかの理由により解約される可能性があること、あるいは、専用実施権が放棄される可能性も全くないわけではないことからすれば、そのときに備えて侵害行為を排除すべき利益がある。
　そうだとすると、専用実施権を設定した特許権者についても、一般的に自己の財産権を侵害する行為の停止又は予防を求める権利を認める必要性がある」と述べ、「専用実施権を設定した特許権者も、特許法１００条にいう侵害の停止又は予防を請求する権利を有すると解すべきである」とした。
　その上で、Ｙプログラム使用の方法が本件特許発明の技術的範囲に属するとともに、Ｙ記録媒体が本件特許発明の技術的範囲に属する方法のみに用いるものであるとして、Ｘの請求を、Ａの請求とともに認容した。
　Ｙはこれを不服として上告受理申立を行ったところ、最高裁は、申立てのうち、Ｘによる差止請求権の行使に関する部分について受理し、判断を示した。

上告棄却
　「特許権者は、特許権の侵害の停止又は予防のため差止請求権を有する（特許法１００条１項）。そして、専用実施権を設定した特許権者は、専用実施権者が特許発明の実施をする権利を専有する範囲については、業としてその特許発明の実施をする権利を失うこととされている（特許法６８条ただし書）ところ、この場合に特許権者は差止請求権をも失うかが問題となる。特許法１００条１項の文言上、専用実施権を設定した特許権者による差止請求権の行使が制限されると解すべき根拠はない。また、実質的にみても、専用実施権の設定契約において専用実施権者の売上げに基づいて実施料の額を定めるものとされているような場合には、特許権者には、実施料収入の確保という観点から、特許権の侵害を除去すべき現実的な利益があることは明らかである上、一般に、特許権の侵害を放置していると、専用実施権が何らかの理由により消滅し、特許権者が自ら特許発明を実施しようとする際に不利益を被る可能性があること等を考えると、特許権者にも差止請求権の行使を認める必要があると解される。これらのことを考えると、特許権者は、専用実施権を設定したときであっても、差止請求権を失わないものと解すべきである。」

１．特許法１００条１項は、特許権侵害の停止・予防のために、特許権者が差止請求権を有する旨を規定する。
　また、同条は、特許権について専用実施権が設定された場合（特許法７７条１項）、専用実施権者が自己の専用実施権にもとづいて差止めを求めることができる旨も定めている。そこで、特許権に専用実施権が設定されている場合に、特許権者も差止請求権を有するかが、特許法上の問題の一つとなっている^（注１）。
　この点につき、下級審裁判例は、特許権者が差止請求権を有する、もしくは、それを前提とする判断を示す傾向にあったが^（注２）、学説においては、差止請求権の存在を肯定する見解と否定する見解の双方が示されている^（注３）。
　このような状況の中、本件第一審判決は、特許法６８条・７７条２項を根拠に、特許権者による差止請求権の行使を否定したところ、原判決は、第一審判決を破棄し、専ら実質的理由にもとづいて、特許権者による差止請求権の行使を許容した。
　本判決は、これを受けて示されたものであり、特許権に専用実施権が設定されている場合に、特許権者も差止請求権を有するか否かの問題に関する判断を示した初めての最高裁判決である。
　そして、法的根拠と実質的根拠の双方を挙げつつ、特許権に専用実施権が設定されている場合においても特許権者が差止請求権を有するとの立場を採ることを明らかにしている。

２．本判決は、はじめに法的根拠について述べ、これを差止請求権に関する特許法１００条１項が、専用実施権が設定されている場合においても、特許権者による差止請求権の行使を否定していないところに求めている。こうした姿勢は、すでに、下級審裁判例において示されてきたところであり^（注４）、本判決はこれを確認したものとみることができる。
　続いて、実質的根拠として、本判決は次の２つの場面で特許権者による差止請求の要請があることを指摘する。
　第一は、専用実施権者の売り上げに応じて実施料が定まるとする専用実施権設定契約が締結されている場合であり、第二は、専用実施権が消滅し、特許権者が自ら特許発明を実施しようとする場合である。
　本判決は、後者の具体例を何ら示していないものの、原判決の指摘するような専用実施権者による権利の放棄や、専用実施権設定契約当事者の債務不履行を理由とする当該契約の解除がなされた場合等を想定しているものと解される。
　原判決および学説も指摘するように、これらの場面において生じる特許権者の不利益は避け難いものであるところ^（注５）、いずれの場合の不利益も、実施権を保有していない者による特許発明の実施により、専用実施権者が被るものとは別個ものである。
　ここから、本判決は、特許権者固有の利益に、差止請求権の存在を肯定する実質的根拠を求めようとしていることを窺うことができる^（注６）。

３．ところで、本判決の述べるこれらの法的・実質的根拠に対しては、次のような疑問の余地がある。
　まず、法的根拠についてみると、一般に、特許権にもとづく差止請求権の根拠は、特許権者が特許発明を業として実施する権利を専有する地位を有すると規定する特許法６８条に求められており^（注７）、差止請求に関する特許法１００条１項はこれを確認するものとして理解されている^（注８）。
　そして、特許法は、特許権について専用実施権が設定された場合、特許発明を業として実施する権利を専有する地位は、設定行為で定めた範囲内において、専用実施権者が獲得し（特許法７７条２項）、特許権者はその地位を喪失する（特許法６８条但書）としている。
　そうすると、本判決が根拠規定として挙げている特許法６８条・１００条の文言解釈としては、本件第一審判決のように、専用実施権が設定された場合、特許権者は差止請求権を失うと解するのが素直である。
　本判決のように、単に、「特許法１００条１項の文言上、専用実施権を設定した特許権者による差止請求権の行使が制限されると解すべき根拠はない」との消極的理由のみにもとづいて、特許権者が差止請求権を有すると解するのは困難と考える^（注９）。
　また、実質的根拠についても、第一の場合に生じる特許権者の不利益は、個々の専用実施権設定契約の内容に左右されるものである。それ故に、専用実施権設定契約の個別的事情に関する具体的判断を示し、それを前提として、特許権者による差止請求権の行使を許容するのであればともかく、本判決のように、特許権者の差止請求権の存在を一般的に肯定する根拠とすることには疑問が生じてくる。
　第二の場合の専用実施権の消滅に伴う不利益は、専用実施権設定契約の内容と無関係に生じるものであるものの、専用実施権設定契約の解除や専用実施権の放棄といった事態が発生する蓋然性は必ずしも高いとはいい難い。
　そこで、この点に着目し、こうした事態が発生した時点において、改めて、特許権者に対応することを許容すれば足り、専用実施権が設定されている場合一般について、特許権者による差止請求権の行使を許容する必要はないとする見解も成り立ち得る。

４．本判決が法的根拠として提示する特許法規定や、実質的理由の中で示している２つの場面をみていくと、本判決は、特許発明の独占的実施により得られる利益のみを、特許権にもとづく利益として念頭に置いていることに気がつく。前述のような疑問が生じる要因はこの点にあるように窺われる。
　しかし、特許権は、特許発明の独占的実施により得られる利益のみから構成されるものではなく、その他の利益も内包する権利であり、専用実施権を設定した場合にも、特許権者が保有する利益も少なくない。
　そして、この点に着目すると、専用実施権が設定されている場合においても、特許権者に差止請求権が存するとの本判決の結論は維持されるべきと考える。
　例えば、専用実施権の設定という契約の性質上、特許権の移転や担保権の設定等の、特許権の交換価値にもとづく特許権の処分に関する利益は、特許権者が保有する。
　特許権の現実の交換価値は、特許発明の実施の専有の程度に左右されるものであることに照らすと、専用実施権が設定されている場合にも、特許権者による差止請求を許容することに対する要請が生じてくる^{（注１０）}。
　また、特許法は、特許発明を業として実施する権利に関する管理処分権限を、特許権者が保有することを明らかにしている（特許法７７条３項・４項）^{（注１１）}。その性質上、この権限を実効あるものとするためには、特許権者に差止請求権の行使を許容することが必要となる^{（注１２）}。
　このほか、特許法は信用回復措置に関する規定（特許法１０６条）を設け、特許発明を通じて獲得される特許権者・専用実施権者の営業上の信用を保護しようとするところ^{（注１３）}、専用実施権が設定された場合にも、特許権者は特許発明にもとづく自身の信用を維持する利益を有すると解するのが素直であるから、こうした特許権者の信用維持の利益保護のために、差止請求が必要となることには異論が生じないと見込まれる。
　したがって、本判決の理由づけは再検討を要するものの、その結論には妥当性を見いだすことができるといい得る。

５．最後に、本判決の意義についてみていく。
　まず、本件は、特許権者単独による差止請求訴訟ではなく、専用実施権者も共に訴えを提起している事件である。それ故に、本件において、特許権者による差止請求権の行使を許容する要請は必ずしも高いといい難いとの見方が成り立ち得る。本判決がこのような事案の下に特許権者による差止請求権の行使を許容していることに着目すると、本判決の射程は、特許権に専用実施権が設定されている場合一般にまで及ぶと解するのが素直である。
　また、本件において、特許権者は専用実施権者と共に訴えを提起しており、特許権者による差止請求権の行使を許容した場合であっても、相手方当事者に実質的な不利益が生じるとは想定され難い。
　そうすると、本判決が、専用実施権者と別個独立して、特許権者による差止請求訴訟の提起することを許容しているかは必ずしも定かでないと解する余地がないではない。
　しかし、本判決が、実質的根拠を、特許権者固有の利益を保護する必要性に求めようとする姿勢にあることに鑑みると、本判決は、特許権者と専用実施権者が各々別個独立して訴えを提起することを許容していると理解すべきである。
　特許法以外の法令と本判決との関係について、実用新案法、意匠法、商標法は特許法と同様の専用実施権制度を設けており、半導体集積回路配置法、種苗法も、専用実施権と類似性のある専用利用権を規定する。
　したがって、これらの諸法令においても、本判決は先例的意義を有すると考える^{（注１４）}。
　また、著作権者と出版権との関係が、特許権者と専用実施権者との関係に酷似していることに鑑みると、著作権法上の先例ともなり得ると思われる。